故事发生在星战前传2与星战前传3之间，历时三年的克隆人战争是改变银河系命运的重大历史事件，旧共和国的衰亡、帝国的崛起、绝地的没落都与之息息相关。克隆战争的全面爆发让帕尔帕庭议长在共和国几乎拥有了至高无上的权力，而在他的领导下，共和国也越来越深的陷入战争的泥潭。一批又一批装备精良的克隆人战士奔赴各个星球，在欧比旺·克诺比、阿纳金·天行者等绝地将军的率领下，与分裂组织的机器人部队展开激战
